Program Inovasi UPT Puskesmas Waru dilaksanakan berdasarkan Peraturan Bupati Nomor 15 Tahun 2022 tentang Penyelenggaraan Inovasi Daerah. Inovasi Daerah diselenggarakan dalam rangka meningkatkan kinerja penyelenggaraan Pemerintah Daerah. Program Inovasi UPT Puskesmas Waru merupakan inovasi dengan kriteria pelayanan jasa publik. Program Inovasi Puskesmas Waru meliputi:

1. GEPREK JAMUR ( Gerakan Pemeriksaan Kesehatan Jemaah Sholat Dzuhur)
2. PETA KUNCI MAS (Penemuan Kusta oleh Tokoh Kunci Masyarakat)
3. SOTO MELAYU (Siaran Informasi Terjadwal Posyandu melalui Penjual Sayur)
4. PATTAYA (Pangkas Rambut Tanpa Risiko Berbahaya)